Sự khác biệt ban đầu giữa Sunni và Shias là về người kế thừa thực sự của Muhammad. Shias tin rằng Ali ibn Abi Talib là người kế thừa thực sự của Muhammad, trong khi Sunni coi Abu Bakr giữ vị trí đó. Khawarij đã tách ra khỏi cả Shias và Sunni trong First Fitna (Nội chiến Hồi giáo đầu tiên) và sau đó phản đối cả Shias và Sunni, thường rất dữ dội.

Ngoài ra, có một số khác biệt trong Hồi giáo Sunni và Hồi giáo Shia. Hồi giáo Sunni được tách thành bốn trường chính của luật học, đó là Hanafi, Maliki, Shafi'i, Hanbali. Các trường này được đặt theo tên của Abu Hanifa, Anas bin Malik, al-Shafi'i và Ahmad ibn Hanbal.

Shia Hồi giáo, mặt khác, được tách thành ba giáo phái chính: Twelvers, Ismailis và Zaydis. Đại đa số Shias là Twelvers (một ước tính năm 2012 đưa ra con số 94% Shias là Twelvers)  đến mức mà thuật ngữ "Shia" thường được gọi theo Twelvers theo mặc định. Twelver Shias cũng đáng chú ý là giáo phái duy nhất của người Hồi giáo tuân theo câu nói của Muhammad rằng ông sẽ có mười hai người kế vị, một câu nói được cả người Hồi giáo Shia và Sunni chấp nhận.

Tất cả chủ đạo Twelver người Hồi giáo Shia theo học cùng một tư tưởng, các Jafaritrường phái tư tưởng (đặt theo tên của Jafar như-Sadiq,  các thứ sáu Shia Imam). Tất cả bốn người sáng lập trường tư tưởng Sunni đều có được kiến ​​thức, trực tiếp hoặc gián tiếp, thông qua Jafar as-Sadiq. [ cần dẫn nguồn ]

Zaydis, còn được gọi là Fivers, không theo trường phái tư tưởng Jafari, mà thay vào đó là trường phái tư tưởng Zayidi (được đặt theo tên của Zayd ibn Ali  ). Ismailis được chia thành hai nhóm, Tayyibi Ismailis và Nizari Ismailis. Tayyibi Ismailis, còn được gọi là "Bohras", được phân chia giữa Da'udi Bohras, Sulaymani Bohras và Alavi Bohras.

Tương tự, Kharijites ban đầu được chia thành năm nhánh chính: Sufris, Azariqa, Najdat, Adjarites và Ibadis. Trong số này, Ibadis là chi nhánh duy nhất còn sót lại của Kharijites.

Ngoài các nhóm nói trên, các trường phái tư tưởng và phong trào mới như Hồi giáo Kinh Qur'an và Hồi giáo người Mỹ gốc Phi sau đó đã xuất hiện độc lập.